日本在繩紋時代，生活還處在狩獵採集的生活模式。然而進入彌生時代後期，迅速有了農耕，紡織，青銅、鐵器迅速發展的技術。這是因為無數從朝鮮半島和中國的渡來人帶來的技術與文化。
日本彌生時代大約從公元前10世紀持續到公元3世紀（或公元前300年至公元250年）。
這時代對應了中國歷史上的周朝（春秋戰國）、秦朝、漢朝（西漢、東漢）至三國時期。戰亂將中土的人民驅趕到日本，這些渡來人帶去了先進的技術，促使現代文明、以及地方豪族的興起。
當人口增加，糧食穩定供應，豪族興起，環濠建築保障高等階級的財產，貴族的古墳也因應而生。
考古在日本出土的漢倭奴國王金印，以及大量出土的青銅器，也証明這個時代的東西方交流。
彌生時代晚期的中日交流，被詳細記錄在中國的《漢書》、《後漢書》與《三國志》中，這是日本歷史最早的文字文獻來源。
基因考古上，繩紋時代的人跟後來的彌生時代的人有何差別？
的確有差別。彌生時代的人混合了朝鮮以及大陸的基因高達80 %，現代日本人的基因基本上跟彌生時代相符合，繩紋人的基因只剩下10到20 %存在於彌生人中。北海道的原住民基因，跟繩紋時代的人反而有高度的匹配性。
由地緣上看，九州西南隔著對馬海峽跟朝鮮對望，照理說九州應該是最早跟大陸文明接觸的地方，漢朝賜予的金印又在福岡一帶出土，然而大和國為什麼後來定都在飛鳥，也就是現在的奈良南部？
日本在明治維新以前，不是一個實質上統一的國家。她有點像一戰以前的德國，是由很多小邦國組合的，也有點像中國歷史上的周朝。然而大和國為什麼能夠在名義上做成日本的共主呢？
天皇的祖先是在奈良？還是九州？
有一說是九州那一帶地形破碎，是逆灣地形，農耕不易。而大和國在奈良盆地，有大片的可耕土地，西邊的出口是今天的大阪，政治中心也比較不會受外來的干擾。富裕的土地成就了大和國。
還有一點，查察日本的書寫文字，三種文字都是大和國創設的，依次為萬葉假名、片假名、平假名。日本的第一套歷史，也是由大和國紀錄。掌握文字，掌握書寫歷史的敘事，也掌握力量。
《古事記》（712年）成書
《日本書紀》（720年）成書
日本書紀雖書寫在720年，然而它紀錄範圍卻起自公元前660年，可是那個時候日本還沒有文字，顯見這部分的歷史是編造的。為什麼要編造，顯然也是帶有政治目的。
歷史現實：公元前 660 年的日本正處於「繩文時代晚期」向「彌生時代早期」過渡的階段，當時連文字、鐵器和成熟的稻作都尚未普及，根本不可能存在一個統一的日本朝廷。
整部日本書紀，從公元前660至公元552年的紀錄是不完全可信的。固然著作者有參考朝鮮及中國的史書，然而也僅是隻字片語的記載。公元552年後，約聖德太子理政時，才進入信史時代。
存在於中國的史書、朝鮮的史書中關於日本祖先的隻字片語，有些還在從現代考古學中去尋求答案，天皇的神聖性，不因歷史資料的披露而減少千年來他們的祖先兢兢業業地努力學習、打造國家體制、到近代甚至成為一等強國。皇族的存在，也樹立了日本的國民性，那種認真、一絲不苟的、優雅的民族性。